প্রতিষ্ঠাকালের দিক থেকে স্বায়ত্তশাসিত বিশ্ববিদ্যালয়গুলোর মধ্যে খুলনা বিশ্ববিদ্যালয়ের অবস্থান নবম। বুয়েটের পর ১৯৯৭-৯৮ শিক্ষাবর্ষ থেকে খুলনা বিশ্ববিদ্যালয়ে কোর্স ক্রেডিট পদ্ধতি চালু হয়। শান্ত ও পরিচ্ছন্ন পরিবেশ এ ক্যাম্পাসের। বিশেষভাবে চোখে পড়বে একই রঙে রাঙানো এ বিশ্ববিদ্যালয়ের ভবনগুলোর দেয়াল। প্রশাসনিক বা একাডেমিকসহ কোনো ভবনের দেয়ালে নেই স্লোগান লেখা, নেই কোনো ব্যানার-ফেস্টুন। প্রতিটি ভবনের নামকরণ করা হয়েছে মুক্তিযুদ্ধের শহীদদের নামে। ২০১৯ ও ২০২০ সালে স্পেনের স্কোপাস পরিচালিত জরিপে দেশে উদ্ভাবনীতে প্রথম ও গবেষণায় দ্বিতীয় এবং তৃতীয় স্থান লাভ করে খুলনা বিশ্ববিদ্যালয়। এডি সায়েন্টিফিক ইনডেক্স-২০২২-এ দেশের বিশ্ববিদ্যালয়গুলোর মধ্যে চতুর্থ স্থান লাভ করে বিশ্ববিদ্যালয়টি।
খুলনা বিশ্ববিদ্যালয়ে এখন প্রায় ৭ হাজার শিক্ষার্থী পড়াশোনা করছেন। রয়েছেন প্রায় পাঁচ শ জন শিক্ষক। এ পর্যন্ত ২৮টি ব্যাচ থেকে উত্তীর্ণ স্নাতকের সংখ্যা প্রায় ১৫ হাজার। প্রতিবছর ২৯টি অনুষদের অধীনে শিক্ষার্থী ভর্তি করা হয় খুলনা বিশ্ববিদ্যালয়ে।
১৯৮৯ সালের ৯ মার্চ আনুষ্ঠানিকভাবে খুলনা বিশ্ববিদ্যালয়ের ভিত্তিপ্রস্তর স্থাপন করা হয়। ১৯৯০ সালের জুলাই মাসে জাতীয় সংসদে ‘খুলনা বিশ্ববিদ্যালয় আইন, ১৯৯০’ পাস হয়। এরপর ১৯৯০-৯১ শিক্ষাবর্ষে শিক্ষার্থী ভর্তি করা শুরু করে বিশ্ববিদ্যালয়টি।