সেলজুক সুলতান মালিক শাহের উজির নিজামুল মুলক ১০৬৫ খ্রিষ্টাব্দে বাগদাদে প্রথম নিজামিয়া মাদ্রাসা প্রতিষ্ঠা করেন। নিজামুল মুলক একজন অনন্য বুদ্ধিমান ও বিদ্যানুরাগী ব্যক্তি ছিলেন। তিনি সাম্রাজ্যের বিভিন্ন স্থানে অসংখ্য শিক্ষাপ্রতিষ্ঠান স্থাপন করেছেন। নিজামিয়া মাদ্রাসা ছিল গতানুগতিক শিক্ষায় সম্পূর্ণ নতুন সংযোজন। বাগদাদের পর ইস্পাহান, নিশাপুর, বলখ, হেরাত, তাবারিস্তান, খুজিস্তান, ইউফ্রেটিস দ্বীপসহ বিভিন্ন প্রধানতম শহরে নিজামিয়া ধারার মাদ্রাসা প্রতিষ্ঠিত করেন।
ইসলাম বিষয়ে উচ্চশিক্ষার জন্য সুসংগঠিত মাদ্রাসা প্রতিষ্ঠার সূচনা নিয়ে ঐতিহাসিকদের মধ্যে মতভেদ রয়েছে। তবে কেউ কেউ বলেছেন, নিজামিয়া মাদ্রাসাব্যবস্থাই ইসলামের ইতিহাসের প্রথম প্রাতিষ্ঠানিক সুযোগ-সুবিধাসংবলিত মাদ্রাসা। এসব মাদ্রাসার প্রতিষ্ঠাতা হিসেবে তাঁর নামেই এর নামকরণ করা হয়। পরবর্তী সময়ে নিজামিয়া মাদ্রাসার অনুকরণে পৃথিবীর বিভিন্ন দেশে অসংখ্য মাদ্রাসা এবং বিশ্ববিদ্যালয় নির্মাণ করা হয়েছে।
নিজামিয়া মাদ্রাসা প্রতিষ্ঠার লক্ষ্য ছিল, শুদ্ধ ও একনিষ্ঠভাবে মহান আল্লাহর উপাসনা করার শিক্ষা দেওয়া, ধর্মের বিধিবিধান যথাযথভাবে পালনের জন্য বিশুদ্ধ ইসলামি শিক্ষা দেওয়া, ইসলামি শিক্ষায় শিক্ষিত হয়ে নিজে সৎভাবে জীবনযাপন করা, অন্যকে সৎ কাজে উদ্বুদ্ধ করা এবং অসৎ কাজ থেকে বিরত রাখা ইত্যাদি।
এই প্রতিষ্ঠান শিক্ষকদের জন্য শিক্ষা গবেষণা ও লেখালেখির পরিবেশ সৃষ্টি করে দিয়েছিল। শিক্ষকেরা বিভিন্ন বিষয়ে চিন্তা-ভাবনা করতেন। গবেষণা করতেন। লেখালেখি রচনা ও সংস্কারের কাজ করতেন। শিক্ষার্থীদের বুদ্ধিবৃত্তিক জগৎ উন্মোচন করার কাজও আঞ্জাম দিয়েছিল নিজামিয়া মাদ্রাসা। ইতিহাস থেকে অর্জিত অভিজ্ঞতা কাজে লাগাতে শিক্ষার্থীদের উৎসাহিত করা হয়েছিল।
পাশাপাশি কারিগরি শিক্ষায়ও জোর দেওয়া হতো। বিভিন্ন ধরনের কাজ শিখিয়ে শিক্ষার্থীদের দক্ষ মানবসম্পদ হিসেবে গড়ে তোলা হতো। পরবর্তী সময়ে তাঁরা সরকারি-বেসরকারি নানা কাজে সম্পৃক্ত হতেন। এ ছাড়া সুন্নি চিন্তাধারার প্রচার-প্রসার করে শিয়া চিন্তাধারার চ্যালেঞ্জ মোকাবিলা করার একটি লক্ষ্যও ধারণ করত নিজামিয়া মাদ্রাসা।
নিজামুল মুলক মাদ্রাসার লক্ষ্য পূরণে প্রয়োজনীয় সুযোগ-সুবিধার ব্যবস্থা করেন। মাদ্রাসার জন্য উদারভাবে ব্যয় করতেন। প্রত্যেক শিক্ষক ও কর্মচারীর জন্য সম্মানজনক মজুরি বরাদ্দ করেন। শিক্ষার্থীদের ভরণপোষণের দায়িত্বও নিয়েছিলেন তিনি। শিক্ষার্থীদের জন্য প্রতিদিন চার পাউন্ড রুটির ব্যবস্থা করতেন। ছিল চমৎকার আবাসন-সুবিধাও। প্রত্যেকের জন্য বরাদ্দ ছিল আলাদা কক্ষ।
সময়ের সেরা আলিম ও ধর্মবিশারদদের নিজামিয়া মাদ্রাসায় নিয়োগ দেওয়া হতো। যুগশ্রেষ্ঠ দার্শনিক ইমাম গাজ্জালী ছিলেন এই মাদ্রাসার শিক্ষক। ফারসি কবি শেখ সাদি বাগদাদের নিজামিয়া মাদ্রাসায় পড়াশোনা করেছেন।
নিজামিয়া মাদ্রাসাব্যবস্থা প্রায় চার শ বছর টিকে ছিল। এখান থেকেই শাফিয়ি সুন্নি চিন্তাধারার অনেক বিশ্বখ্যাত মুসলিম পণ্ডিত তৈরি হন। তাঁরা শাফিয়ি ফিকহ ও হাদিস পাঠদানের জন্য পৃথিবীর নানা প্রান্তে ছড়িয়ে পড়েন।